(一) 書記處:置書記官長一人,襄助院長處理一般行政業務,下設民事紀錄科、刑事紀錄科、文書科、總務科、研考科、訴訟輔導科、法警室,公別掌管審判紀錄、文書、庶務、財務管理,工作管制考核與業務之研究發展、訴訟程序諮詢、人犯戒護與警衛等業務。
(二) 人事室:掌管職員任免、遷調事項、獎懲案之擬議、考核、考績、退休、撫恤俸給待遇、訓練進修、差假管理、人事資料之管理以及有關員工福利、公保、健保、互助、文康活動等事項。
(三) 政風室:掌管本機關政風法令之擬訂、宣導,本機關員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
(四) 會計室:掌管本院概算、預算、決算之編擬。
(五) 統計室:掌理司法統計業務。
(六) 資訊室:掌管全院所有電腦設備及網路系統之維護管理、安裝本院使用之應用系統,作業資料之管理,檔案之維護,並為全院電腦問題之諮詢中心。